迟到旷工被警告离职且扣工资的过程中，劳动者可能面临多种法律风险，以下为具体说明。
1. 经济损失风险：若公司的扣工资行为不合法，但劳动者未及时维权，可能导致工资损失无法追回。例如，某员工因迟到2次被公司扣除当月工资的30%（远超法律规定的20%上限），但该员工未在1年内申请仲裁，最终因超过诉讼时效无法追回被扣工资；
2. 就业记录风险：若公司以“严重违纪”为由解除劳动合同，且该理由被认定为合法，此记录可能会写入劳动者的离职证明，对后续求职造成负面影响。例如，某劳动者因旷工3天被公司合法辞退，离职证明中注明“因严重违反规章制度解除劳动合同”，导致其后续面试多家公司时被HR质疑职业素养。
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针对迟到旷工被警告离职且扣工资的合法性，我们可依据相关法律条文进行分析。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条（2012年修正），用人单位有权制定劳动规章制度，但需经职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表协商确定，并公示或告知劳动者。若公司的迟到旷工处理规定未经上述民主程序制定，或未向员工公示，则该规定无效，以此为由警告离职和扣工资不合法。此外，《工资支付暂行规定》第十六条明确，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按约定扣除工资，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若公司扣工资违反此规定，则不合法。综上，若公司程序合法且扣工资符合比例要求，则行为合法，反之则不合法。
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关于迟到旷工被警告离职且扣工资是否合法，需结合具体情况判断。
1. 若公司规章制度合法且明确规定迟到旷工的处理标准，且员工行为符合该标准，则警告离职可能合法；
2. 若公司扣工资的金额未超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不低于当地最低工资标准，则扣工资可能合法；
3. 若公司未履行规章制度的民主程序或未向员工公示，则警告离职和扣工资均不合法。
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在判断迟到旷工被警告离职且扣工资是否合法时，存在一些特殊情况会直接影响处理结果，以下为具体情形及影响。
1. 规章制度未经民主程序：若公司的迟到旷工处理规定未经过职工代表大会或全体职工讨论，也未与工会协商确定，即使内容合理，该规定也可能被认定为无效，公司据此作出的警告离职和扣工资行为将不合法；
2. 劳动者有正当理由：若劳动者的迟到旷工是因突发疾病、交通意外等不可抗力或正当理由导致，且已及时向公司说明并提供证明，公司仍坚持警告离职或扣工资，则属于违法处理；
3. 扣工资超过法定比例：即使劳动者存在迟到旷工行为，公司扣除的工资每月不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准，若公司违反此比例要求，扣工资行为不合法。

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